Η σημαντικότερη αιτία της εμμηνόπαυσης είναι η ηλικία. Αποτελεί το τέλος της αναπαραγωγικής περιόδου, και οφείλεται στην σταδιακή έκπτωση της λειτουργίας των ωοθηκών. Η κάθε γυναίκα γεννιέται διαθέτοντας ένα συγκεκριμένο αριθμό ωαρίων, τα οποία είναι «αποθηκευμένα» στις ωοθήκες. Οι ωοθήκες επίσης έχουν την αποστολή να παράγουν τα οιστρογόνα και την προγεστερόνη, ορμόνες που ελέγχουν την περίοδο και την ωορρηξία. Η εμμηνόπαυση συμβαίνει όταν οι ωοθήκες αδυνατούν πλέον να απελευθερώνουν ένα ωάριο κάθε μήνα, και σταματά οριστικά η έμμηνος ρύση.
Η εμμηνόπαυση θεωρείται ένα φυσιολογικό μέρος της γήρανσης, όταν αυτό συμβεί μετά την ηλικία των 40, συνήθως γύρω στην πέμπτη δεκαετία της ζωής. Ωστόσο ορισμένες γυναίκες μπορούν να περνούν στην εμμηνόπαυση νωρίς, είτε ως αποτέλεσμα χειρουργικής επέμβασης όπως η υστερεκτομή με αφαίρεση των ωοθηκών, ή λόγω βλάβης στις ωοθήκες, όπως μετά από χημειοθεραπεία ή ακτινοβολίες. Η εμμηνόπαυση που συμβαίνει πριν από 40, ανεξάρτητα από την αιτία, ονομάζεται πρώιμη εμμηνόπαυση.